Джон Бъниан е роден в Хароудън ноември 1628 г. според регистъра на енория Елстоу.
Семейството има дълга история в Англия и името му изписвано по над трийсет и четири различни начина: Binyan, Buniun, Bonyon, Buignon са най-разпространени, Bunyan е най-малко разпространено исторически. Енорийските регистри показват, че Walter Boynon, предполагаем прадядо на Джон Бъниан, е живял в селцето Хароудън през 1327 г. и районът е познат като „Father Bunyan’s“, „Bunyan’s Walk“ и „Bunyan’s End“ поне от 16 век.
Джон Бъниан е роден в семейството на Томас Бъниан и Маргарет Бентли. Тя също е от Елстоу и като съпруга си е родена през 1603 г. Венчани са на 27 май 1627 г. и през 1628 г. сестрата на Маргарет, Роуз Бентли се омъжва за полубрата на Томас Едуард Бъниан. (Томас се оженил за първата си жена през 1623 г. и както баща си преди него щял да се ожени още два пъти месеци след овдовяването си.) Те били от работническото съсловие. Томас припечелвал като калайджия и казанджия, който поправя котли, домакински съдове и пр. Бъниан пише за произхода си „моето потекло е от нисше и незначително поколение, къщата на баща ми от най-нисш ранг и най-презряно от всички семейства в страната.“
Бъниан получава много малко образование (2 – 4 г.). Той е образован в къщата си с други бедни момчета и каквото малко образование получил е трябвало да послужи на баща му и собствения му бъдещ занаят. Той наследява калайджийския занаят на баща си, който на времето е имал репутация като долна професия и исторически е свързан с номадския начин на живот на циганите.
През 1644 г. Бъниан загубва майка си и две свои сестри, които умират в течение на няколко месеца и баща му се жени за трети път. Може пристигането на мащехата му да е ускорило очуждението му и последвалото му записване в парламентарната армия. Той служи в парламентарната армия в гарнизона на Нюпорт Пагнел от 1644 до 1647 г., когато гражданската война е приближавала края на първата си фаза. Спасен е от смърт от млад войник, който по своя воля го замества в бой и на чиято смърт става свидетел.
След като гражданската война е спечелена от Английския парламент, Бъниан се завръща към предишния си занаят и си намира съпруга. През 1649 г. се жени за млада жена, Мери, чиято единствена зестра изглежда били две книги, Plain Man’s Pathway to Heaven (Пътеката на обикновения човек към рая) на Артър Дент и Practice of Piety (Практикуване на набожност) на Люис Бейли, от които е повлиян за религиозен живот. Тя е сирак, баща ? остава само тези две книги като нейно наследство и техният живот е скромен, меко казано. Бъниан пише, че те са били „бедни, колкото бедни може бъдат“, без дори „блюдо или лъжица помежду им“.
В автобиографичната си книга Grace Abounding (Изобилна благодат) Бъниан описва младежкия си живот като пропаднал и морално осъдителен. Няма обаче доказателство, че външно е бил по-лош от съседите си. Примери за грях, които признава в Grace Abounding, включват псуване, танцуване и звънене на звънци. Увеличеното съзнание за възприемания си за небиблейски живот го довеждат до обмисляне на неморалните си действия, по-специално е тормозен от любопитство относно „непростимия грях“ (богохулството) и обсебеност, че вече го е извършил. Той е известен като експерт езиковед по отношение на псувните, дори и най-вещите в сквернословието отбелязвали, че Бъниан е „най-безбожният човек по отношение на псуването, когото някога са чували“. Докато играел играта „котка“ на селския площад, Бъниан твърди, че е чул глас, който го питал: „Ще оставиш ли греховете си и отидеш в рая или ще си ги имаш и отидеш в ада?“. Той повярвал, че това е гласът на Бог, мъмрещ го за развлечените му порядки, тъй като пуританите считат съботата за свещена и не позволяват да се спортува тогава. Духовността му се възражда от това преживяване и той се бори както с чувството си за вина, така и със съмнението в себе си и вярата в библейското обещание за християнско осъждане и спасение.
